臺東監獄成立於民國39年1月14日，原設在臺東市復興路1號，43年7月1日遷至廣東路317號現址，面積0.91公頃，為重刑及普通犯監獄，以收容刑期五年以上之受刑人為原則，並兼收臺灣臺東地方檢察署檢察官指揮執行，及符合移監作業要點規定之受刑人。  

53年因應地方需求，致力監外作業，於鹿野從事河川地開墾，60年7月1日改名為｢臺東外役監獄」，65年7月1日因將臺東外役監獄「武陵農場」改為「臺灣武陵外役監獄」，本監始恢復原名「臺灣臺東監獄」，100年1月1日配合組織改造命名為「法務部矯正署臺東監獄」。 

本監於泰源、東成、岩灣三所技能訓練所及臺東戒治所因為兼收容受刑人之需，均附設有分監；自90 年10 月22 日起兼辦「臺東看守所」、「臺東少年觀護所」、「附設觀察勒戒處所」業務。